Nhật Bản có rất ít tài nguyên thiên nhiên. Các khoáng sản như quặng sắt, đồng đỏ, kẽm, chì và bạc, và các tài nguyên năng lượng quan trọng như dầu mỏ và than đều phải nhập khẩu. Địa hình và khí hậu Nhật Bản khiến người nông dân gặp rất nhiều khó khăn, và vì quốc gia này chỉ trồng cấy được một số cây trồng như lúa gạo, nên khoảng một nửa số lương thực phải nhập khẩu từ nước ngoài.

Nhật Bản có chín vùng sinh thái rừng để phản ánh rõ khí hậu và địa lý của cả đảo.Chúng bao gồm từ rừng ẩm lá rộng cận nhiệt ở Ryūkyū và quần đảo Ogasawara đến các khu rừng hỗn hợp lá rộng ôn đới trong nền khí hậu nhẹ của các đảo chính, và đến với các rừng lá kim ôn đới ở những phần lãnh thổ lạnh lẽo thuộc những hòn đảo miền bắc.[48] Nhật Bản có hơn 90.000 loài động vật hoang dã, trong đó có gấu nâu, khỉ Nhật Bản, lửng chó Nhật Bản và kỳ giông khổng lồ Nhật Bản.[49] Nước này đã thành lập một mạng lưới lớn các vườn quốc gia nhằm bảo vệ các quần động vật và thực vật quan trọng cũng như 37 vùng đất ngập nước ngập Ramsar. Bốn địa điểm đã được UNESCO công nhận là di sản thế giới vì có giá trị nổi bật về mặt thiên nhiên.[50]